Am
11.August 1866 wurden die neugeschaffenen Kaianlagen in
einem feierlichen Akt offiziell eröffnet. Senatoren und
Bürgerschaftsabgeordnete, Mitglieder der Commerzdeputation
(heute Handelskammer), der Wasserbaudirektor und der
Kaiinspektor sowie eine Vielzahl von Vertretern des
Hamburgischen Handels- und der lokalen Industrieunternehmen
waren anwesend. Das feierliche Ereignis schloss mit
dem gemeinsamen Gesang der "Hammonia Hymne". Zwei Tage
später legten die ersten beiden Dampfschiffe die "Germania"
und die "Planet" am Kai an. Hiermit begann der eigentliche
Umschlagebetrieb an den neu geschaffenen Anlagen. (Quelle:
Kludas / Maass / Sabisch - Hafen Hamburg Ernst Kabel Verlag,
Hamburg 1988). Bei seiner Eröffnung 1866 war der Sandtorhafen das erste künstlich geschaffene Hafenbecken Hamburgs, in dem Seeschiffe längsseits am Kai liegend abgefertigt werden konnten. Mit Hilfe von dampfgetriebenen Kranen („Brownsche Dampfkrane“) konnten die Waren aus den Laderäumen der Schiffe direkt in die Kaischuppen geliftet oder auf Eisenbahnwaggons bzw. Pferdefuhrwerke abgesetzt werden. Dieses neue Umschlagskonzept revolutionierte den bis dahin eher beschaulichen Waren- Umschlag der im Strom liegenden Segelschiffe, innerhalb weniger Jahrzehnte entstanden nach diesem erfolgreichen Grundmuster immer neue, größere und modernere Hafenbecken beidseits der Norderelbe. Seither gilt der Sandtorhafen als Keimzelle des „modernen Hafens“.
Einst angelegt für die damals üblichen Frachtsegler und Dampfer aus Holz und Eisen, wurde er schon bald zu eng für die ins Riesenhafte wachsenden stählernen Ozeandampfer, im 20. Jahrhundert diente er überwiegend als Umschlagsplatz für kleinere Nord- und Ostseefahrer. Erst mit dem Niedergang des klassischen Stückgutumschlags infolge der Containerisierung verlor der Sandtorhafen in den 1980er Jahren endgültig seine Bedeutung, und mit ihm die anderen alten Hafenbecken des nördlichen Freihafens. Die letzten hölzernen Kaischuppen waren schon 1984 abgebrochen worden, die Kaiflächen verkamen zu Industriebrachen.
1997 machte ein städtebauliches Großprojekt Furore: Auf dem Gelände des nördlichen Freihafens sollte zwischen Speicherstadt und Norderelbe die neue HafenCity entstehen.
Erstmals in der Stadtgeschichte wurden dafür nicht die nutzlos gewordenen Hafenbecken zugeschüttet, sondern die neue Planung ordnete sich der überkommenen Topografie unter; die historischen Kaimauern blieben als wasserseitige Bebauungsgrenzen erhalten und wurden aufwändig restauriert. Seit Anbeginn war auch Konsens, dass im Sandtorhafen Liegeplätze für historische Schiffe entstehen sollten, zur Erinnerung an die Geschichte des Ortes.
Schon Ende der 90er Jahre wurde mit der Konzeptentwicklung eines Traditionsschiffhafens und Vorplanungen für eine speziell darauf zugeschnittene Pontonanlage begonnen. Im preisgekrönten Entwurf des Freiraumplanerischen Wettbewerbs von 2002 waren teils raumgreifende, teils grazile Pontons mit geschwungenen Formen vorgesehen, die allerdings einer funktionalen und technischen Optimierung bedurften. Diese erfolgte in den darauf folgenden anderthalb Jahren.
Erst mit der Mittelbewilligung für die Ausbaggerung des verschlickten Sandtorhafens im Jahre 2007 konnte mit dem eigentlichen Bau der Pontonanlage begonnen werden. Bei der Planung des Traditionsschiffhafens wurde neben der Schaffung von Liegeplätzen die Idee eines großen schwimmenden Platzes verfolgt, einer Flaniermeile auf dem Wasser.